Viện Đại học Huế được thành lập vào tháng 3 năm 1957, bao gồm 4 phân khoa đại học: Sư phạm, Y khoa, Văn khoa, Luật khoa. Sau đó có thêm khoa Y và các cơ sở đào tạo trực thuộc khác.
Sau năm 1975 đất nước hoàn toàn thống nhất, trên cơ sở các khoa cũ, các trường đại học độc lập đã được thành lập ở Huế: Trường Đại học Sư phạm Huế, Trường Đại học Tổng hợp Huế và Trường Đại học Y khoa Huế.
Năm 1983, Trường Đại học Nông lâm Huế được thành lập, nguyên là Trường Đại học Nông nghiệp II từ Hà Bắc chuyển vào.
Theo Nghị định 30/CP ngày 4/4/1994 của Chính phủ, Đại học Huế ra đời, đánh dấu giai đoạn mới của sự phát triển giáo dục đại học ở Huế. Nhiệm vụ chính của Đại học Huế là đào tạo cán bộ khoa học có trình độ cao đẳng, đại học và trên đại học, nghiên cứu và ứng dụng khoa học - công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực phục vụ sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước nói chung, các tỉnh Miền Trung - Tây Nguyên nói riêng.