Bệnh viện tọa lạc trên khu đất rộng khoảng 4,6 hecta, vị trí giữa hai khu vực trung tâm TP.HCM (Q.1) và Chợ Lớn (Q.5). Cấu trúc gồm một khu cao ốc 6 tầng và các dãy nhà tạo thành hình chữ U chung quanh là nơi bố trí các Khoa lâm sàng (14 khoa).

Các Khoa lâm sàng và Hồi sức cấp cứu được trang bị các máy móc trang thiết bị hiện đại, đáp ứng tốt được yêu cầu chẩn đoán, điều trị và hồi sức cấp cứu các bệnh nhiễm trùng-truyền nhiễm. Đặc biệt Khoa xét nghiệm được xây dựng năm 2002 theo dự án chuyên sâu, hợp tác với Đơn vị lâm sàng Đại học Oxford, đạt tiêu chuẩn quốc tế. Bệnh viện có hệ thống xử lý nước thải tự động với công suất 500 m3 ngày/đêm xây dựng theo công nghệ hiện đại do Cộng đồng chung châu Âu tài trợ được đưa vào sử dụng từ tháng 1 năm 2004.