Năm 2006 Bệnh viện GTVT Trung ương chính thức được công nhận là Bệnh viện đa khoa hạng I theo Quyết định số 1734/QĐ - Bộ GTVT ngày 23 tháng 8 năm 2006 của Bộ trưởng Bô GTVT. Bệnh viện là tuyến y tế cao nhất trong ngành y tế GTVT có chức năng nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe cho CBCNV trong toàn ngành GTVT và nhân dân trong khu vực dân cư. Bệnh viện được tiếp nhận, giải quyết được những bệnh nhân nặng từ tuyến dưới chuyển lên, đồng thời còn có nhiệm vụ đào tạo và chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật cho các bệnh viện trong ngành y tế GTVT.
Bệnh viện GTVT Trung ương hiện nay, có 23 khoa, phòng trong đó có 18 khoa với 400 giường bệnh và 5 phòng chức năng. Về nhân sự, bệnh viện có tổng số CBCC 338 người Bệnh viện đã tập trung phát triển khoa học kỹ thuật với các thiết bị chẩn đoán và điều trị hiện đại như:
1. Máy chụp cắt lớp tỷ trọng.
2. Máy siêu âm sản khoa màu ba chiều, máy siêu âm Doppler tim mạch màu 4 chiều .
3. Máy chụp X quang số hoá – DR hiện đại nhất Việt nam.
4. Hệ thống xét nghiệm Elliza xét nghiệm HIV, viêm gan.
5. Máy tán sỏi ngoài cơ thể
6. Máy mổ nội soi ổ bụng.
7. Máy mổ nội soi tai mũi họng
8. Máy mổ đục thuỷ tinh thể mắt Phaco
9. Máy thở nhân tạo
10. Monitoring theo dõi khí máu..vv.
11. Tháng 12 năm 2007 bệnh viện đã cho lắp đặt mới 20 máy thận nhân tạo với hệ thống trộn dịch trung tâm.
Bệnh viện cũng áp dụng thành công các kỹ thuật chẩn đoán điều trị tiên tiến cho người bệnh như mổ nội soi, chụp cắt lớp tỷ trọng, siêu âm màu 3D, nội soi chẩn đoán trong các chuyên khoa như: Mổ nội soi cắt ruột thừa, cắt túi mật, cắt khối chửa ngoài tử cung, cắt u nang buồng trứng, thủng dạ dày, nội soi tán sỏi hệ tiết niệu trong cơ thể, tán sỏi ngoài cơ thể. Mổ nội soi tai mũi họng, mổ đục thủy tinh thể theo phương pháp Phaco, mổ thay khớp háng, mổ thay chỏm xương đùi, mổ trĩ phương pháp Longo.