Bệnh viện Chợ Rẫy được thành lập năm 1900 với tên chính thức là “Hospital Municipal de Cholon” Rồi lần lượt bệnh viện được đổi tên thành “Hospital Indigene de Cochinchine” (1919), “Hospital Lalung Bonnaire” (1938), “Hospital 415” (1945). Sau đó bệnh viện được tách ra làm 2 phòng khám là Hàm Nghi và Nam Việt. Hai phòng khám này sát nhập lại vào năm 1957 để trở thành Bệnh viện Chợ Rẫy cho tới ngày ngay. Trong thực tế, người dân vẫn dùng tên Chợ Rẫy để gọi Bệnh viện từ ngày thành lập.

Dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ Y Tế, Bệnh viện Chợ Rẫy với đội ngũ cán bộ công chức hơn 3.200 người, trong đó có 696 giáo sư, bác sĩ, dược sĩ và 1.349 điều dưỡng, năm 2010 bệnh viện điều trị hơn 1.123.117 bệnh nhân khám bệnh trong đó có hơn 103.000 trường hợp cấp cứu; và trên 116.000 bệnh nhân nội trú. Bệnh viện Chợ Rẫy đã thực sự là cơ sở hỗ trợ và là tuyến sau cùng của 37 tỉnh thành phía Nam, kể cả Thành phố Hồ Chí Minh.